Doktorandanställning inom datadriven livsvetenskap

Vid Institutionen för klinisk mikrobiologi, Umeå universitet, utlyser vi en doktorandanställning inom datadriven livsvetenskap med inriktning mot datadriven epidemiologi och infektionsbiologi. Anställningen är en fullt finansierad doktorandtjänst på fyra år.

Data-driven life science Forskarskola, https://www.scilifelab.se/data-driven/

Arbetsbeskrivning

Du kommer att arbeta i Anne-Marie Fors Connollys forskargrupp vid Institutionen för klinisk mikrobiologi, Umeå universitet, i nära samarbete med Martin Rosvall vid IceLab och Tommy Löfstedt vid Institutionen för datavetenskap.

Du kommer att vara en del av DDLS-forskarskolan och bidra till en nationellt samordnad, datadriven forskningsmiljö i gränslandet mellan infektionsepidemiologi, klinisk mikrobiologi och artificiell intelligens. Projektet är också integrerat i CRITICAL MICROBES, en pågående satsning för att centralisera och harmonisera kliniska mikrobiologiska data i Sverige för koppling till hela befolkningens registerdata.

Doktoranden kommer att vara del av en kreativ, tvärvetenskaplig miljö med omfattande stöd för genomförandet av doktorandprojektet.

Om doktorandprojektet: CRITICAL AI – Comprehensive Research on InfecTIons Across the Lifespan using AI

Syftet med doktorandprojektet är att utveckla robusta och granskningsbara beräkningsmetoder för att harmonisera nationella klinisk mikrobiologiska data och länka dessa till longitudinella befolkningsregister. Projektet bygger vidare på databasen CRITICAL MICROBES vid Umeå universitet, där infektionsprovdata från svenska kliniskt mikrobiologiska laboratorier centraliseras och kopplas till patientkaraktäristika och infektionsutfall. Data omfattar elektroniska remisser, laboratoriesvar, strukturerade testresultat, artidentifieringar, resistensprofiler, tolkande kommentarer samt registerlänkade utfallsdata.

Behörighetskrav

Sökande uppfyller grundläggande behörighetskrav för utbildning på forskarnivå om de har:

• avlagt examen på avancerad nivå,
• fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå,
• eller på annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper (Högskoleförordningen, 7 kap. 39 §).

Vidare omfattas anställningen av de skyldigheter för offentlig anställning som gäller för statligt anställda.

Sökande ska:

• ha en masterexamen, eller motsvarande, inom bioinformatik, datavetenskap, datalogi, beräkningsbiologi, statistik, folkhälsovetenskap, biomedicinsk teknik, tillämpad matematik, fysik eller annat kvantitativt område av relevans för projektet,
• ha dokumenterad programmeringserfarenhet i R, Python eller andra vanliga programmeringsspråk,
• ha erfarenhet av kvantitativ analys, beräkningsmodellering, bioinformatik, maskininlärning eller annan form av dataintensiv akademisk forskning,
• ha ett starkt intresse för tvärvetenskapligt arbete, inklusive klinisk mikrobiologi, epidemiologi, maskininlärning, artificiell intelligens och hälsodataforskning,
• ha mycket god förmåga att kommunicera på engelska, både i tal och skrift,
• ha god förmåga till tidsplanering och organisering samt dokumenterad förmåga att verka självständigt,
• ha stark och dokumenterad förmåga att samarbeta konstruktivt i ett tvärvetenskapligt team,
• vara väl förtrogen med europeisk dataskyddslagstiftning (GDPR), på grund av den känsliga naturen hos de data som kommer att behandlas.

Ytterligare meriter

Sökande kan även ha följande meriter:

• tidigare erfarenhet av maskininlärning, naturlig språkbehandling, biomedicinska språkmodeller eller probabilistisk modellering,
• tidigare erfarenhet av storskaliga kliniska data, laboratoriedata, registerdata eller andra hälsorelaterade data (erfarenhet av nordiska registerdata är meriterande),
• kännedom om biomedicinska ontologier, kontrollerade vokabulärer eller kodsystem såsom SNOMED CT (Systematized Nomenclature of Medicine Clinical Terms), NPU (Nomenclature, Properties and Units), ICD (International Classification of Diseases) eller liknande,
• erfarenhet av statistik, epidemiologi och/eller validering av beräkningsmodeller,
• klinisk kompetens som läkare med specialisering i folkhälsomedicin,
• erfarenhet av att bidra till sakkunniggranskade publikationer, preprints, mjukvaruverktyg eller andra relevanta forskningsresultat,
• erfarenhet av att söka extern finansiering för forskning.

Stor vikt kommer att läggas vid förmågan att samarbeta.

Ansökan

Ansökan ska innehålla:

• ett personligt brev där den sökande beskriver sin motivation för att söka anställningen och hur hen uppfyller de angivna kriterierna (max 1 sida),
• en meritförteckning (CV), inklusive lista över tidigare publikationer, examensarbeten och/eller mjukvarubidrag, där så är tillämpligt,
• kopior av kandidat- och/eller masterexamen, inklusive dokumentation över genomförda akademiska kurser och betyg. En separat lista över programmeringskurser som den sökande har genomgått ska bifogas,
• dokumentation av programmeringsutbildning eller erfarenhet av relevans för projektet, till exempel kursutdrag, kursbeskrivningar, GitHub-profil, mjukvaruportfölj eller motsvarande,
• namn och kontaktuppgifter till 2 referenser.

Ansökningar skickas in elektroniskt via Varbi. Dokument ska vara i PDF-format. Sista ansökningsdag är 30 april 2026.

Lönesättning sker enligt fastställd lönestege för doktorandanställningar. Anställningen är fullt finansierad i fyra år och påbörjas senast i oktober 2026. För mer information, kontakta Anne-Marie Fors Connolly (anne-marie.fors.connolly@umu.se).